Существует устойчивое, но до некоторой степени ошибочное мнение о том, что ликвидация ООО в обязательном порядке сопровождается выездной налоговой проверкой. Обратимся к законодательству. Ни Налоговый кодекс, ни Закон о регистрации юридических лиц, ни какие-либо подзаконные акты не содержат нормы о том, что ликвидируемое юридическое лицо в обязательном порядке должно подвергаться налоговой проверке.

Вместе с тем, п. 11 ст. 89 НК РФ выделяет выездную налоговую проверку, осуществляемую в связи с ликвидацией юридического лица, в отдельную категорию. Это связано с тем, что такая проверка может назначаться вне зависимости от того, когда и по какому предмету проводилась предыдущая налоговая проверка, т.е. правило о том, что налоговые органы не вправе проводить две проверки по одним и тем же налогам за один и тот же период при ликвидации ООО не действует.

Приказом от 25.04.2006 г. № САЭ-3-09/257 ФНС утвердила Методические указания для налоговых органов по вопросам снятия юридического лица с налогового учета  в связи с его ликвидацией. В силу п. 2.1.  Методических указаний структурное подразделение налогового органа, ответственное за регистрацию юридических лиц, на следующий день после внесения в ЕГРЮЛ записи о начале процедуры ликвидации юридического лица уведомляет об этом отдел по работе с налогоплательщиками, отдел камеральных проверок, отдел выездных налоговых проверок, отдел урегулирования задолженности и проч. подобные отделы налогового органа, в котором юридическое лицо состоит на учете. Целью такого уведомления является осуществление контрольных мероприятий в отношении ликвидируемой организации.

Как видим, выездная налоговая проверка при ликвидации юридического лица  — право, а не обязанность налогового органа. По опыту можем сказать, что далеко не каждая ликвидация ООО в Нижнем Новгороде приводит к выездной налоговой проверке. Чаще проводятся камеральные проверки. Однако достаточно большое количество ликвидационных процедур проводятся вовсе без контрольных мероприятий со стороны налоговых органов. Шанс “нарваться” на проверку тем выше, чем больший период организация не подвергалась налоговым проверкам до принятия решения о ликвидации.

Необходимо также отметить, что не всегда налоговый орган имеет возможность взыскать неуплаченные  налоги, даже если таковые будут выявлены в результате проведения проверки. Дело в том, что налоговые долги имеют при ликвидации юридического лица такой же статус, как и обычная предпринимательская задолженность. Решение же о довзыскании налогов проблематично вынести до подачи юридическим лицом заявления об исключении его из ЕГРЮЛ — слишком сжаты временные рамки.